Die Leitung der Fliegerwerft 2 ist für die Führung der Fliegerwerft als technischer Betrieb der Fliegerkräfte verantwortlich. Neben den fachtechnischen und betriebswirtschaftlichen Aufgaben werden in der Werftleitung auch die administrativen Tätigkeiten wie z.B. die Personalführung und Ausbildungssteuerung durchgeführt.